KSeF a ulga B+R – czy koszty wdrożenia można odliczyć w 2025 roku

Dotychczas (tj. począwszy od 2022 roku) wystawianie faktur ustrukturyzowanych, czyli tzw. e-faktur,  było dobrowolne. Natomiast wkrótce korzystanie  z Krajowego Systemu e-Faktur (KSeF) stanie się powszechnym  obowiązkiem. Przy czym obowiązek ten będzie wprowadzany etapami. Harmonogram wdrażania obligatoryjnego KSeF  przedstawia się następująco:

• 1 lutego 2026 r. – firmy, u których wartość sprzedaży za rok 2024 przekroczyła 200 mln zł brutto,
• 1 kwietnia 2026 r.  – pozostali przedsiębiorcy (z wyjątkiem niektórych mikroprzedsiębiorców),
• 1 stycznia 2027 r. – mikroprzesiębiorcy realizujący transakcje o niskiej wartości (do 450 zł za fakturę), u których wartość sprzedaży nie przekracza 10.000 zł miesięcznie.

Realizacja postanowień  wynikających z przepisów w zakresie  Krajowego Systemu e-Faktur oznacza, że przedsiębiorcy muszą ponieść znaczne wydatki, aby przygotować się do  obligatoryjnego  e-fakturowania. Dotyczy to np. zakupu specjalistycznego oprogramowania, odpowiadającego potrzebom firmy  (pomimo zapewnienia przez MF bezpłatnych narzędzi do obsługi KSeF), szkoleń pracowników,  doradztwa  prawnego i technicznego, zmian obowiązujących w firmie procedur pod kątem obiegu dokumentów itp. Przy czym wspomniane koszty będą tym wyższe, im większa jest skala prowadzonej przez dany podmiot działalności (mierzona m.in. liczbą faktur zakupowych oraz sprzedażowych, dokumentujących  operacje gospodarcze).    

Wobec perspektywy  znaczących obciążeń finansowych dla firm w związku KSeF, organizacje zrzeszające przedsiębiorców już od dłuższego czasu postulowały wprowadzenie rozwiązań podatkowych, które pozwoliłyby zmniejszyć koszty związane z jego wdrożeniem. Padła m.in. propozycja ustanowienia specjalnej ulgi podatkowej, która dawałaby możliwość odliczenia 200% poniesionych z tego tytułu kosztów.

Za takim rozwiązaniem – na wzór  istniejącej ulgi  badawczo-rozwojowej,  która np. mogłaby  zostać  rozszerzona –  opowiedziała się np. kwietniu 2024 roku Konfederacja  Lewiatan. Przy czym koszty te miałyby obejmować zarówno wydatki na zakup usług od zewnętrznych dostawców (np. zakup usług informatycznych, licencji) jak i koszty pracowników – poniesione od momentu rozpoczęcia wdrożenia do momentu oddania nowej funkcjonalności/rozwiązania do używania. Dotyczyłyby więc także okresów sprzed wejścia w życie nowych przepisów dotyczących KSeF. 

Z podobną inicjatywą wyszła Izba Gospodarki Elektronicznej (tzw. e-lzba), reprezentująca interesy firm  działających w branży cyfrowej w Polsce.  W piśnie z 14 sierpnia 2025 r. organizacja ta zwróciła się do Ministra Finansów z postulatem zmian w przepisach, które polegałyby na  rozszerzeniu katalogu kosztów uzyskania przychodów uznawanych za koszty kwalifikowane (wskazanego odpowiednio w art. 26e ust. 2 ustawy o PIT oraz art. 18d ust. 2 ustawy o CIT) o wydatki poniesione na prace związane wdrożeniem KSeF u danego przedsiębiorcy (podatnika). Postulat ten autorzy pisma uzasadnili m.in. faktem poniesienia przez przedsiębiorców znaczących nakładów finansowych i czasowych na dokonanie odpowiednich zmian i dostosowanie ich struktur organizacyjnych oraz systemów do wymagań związanych z obligatoryjnym stosowaniem KSeF (który pierwotnie miał wejść od 1 lipca 2024 r.). 

W takiej sytuacji, wobec ponoszonych  finansowych obciążeń  związanych z wdrażaniem KSeF, wielu przedsiębiorców zastanawia się, jak je ograniczyć.  Jednym z rozważanych przez nich rozwiązań jest odliczenie  poniesionych w tym celu wydatków, w ramach wspomnianej już wcześniej ulgi B+R .

Przypomnijmy, że ulga  ta  –  przysługująca podatnikom PIT i CIT – polega na odliczeniu od podstawy opodatkowania  wydatków  związanych z prowadzoną działalnością badawczo-rozwojową, zwanych kosztami kwalifikowanymi. Dokonuje się tego w zeznaniu za rok podatkowy, w którym koszty te zostały poniesione. 

Przy czym u większości podatników,  koszty dotyczące  pracowników (np. wynagrodzeń zasadniczych, premii, nagród,  składek ZUS finansowanych przez pracodawcę itp.) zaangażowanych w działalność B+R, wolno odliczyć w wysokości 200% ich wartości. Natomiast w odniesieniu do  pozostałych kosztów kwalifikowanych, np. w zakresie:

• amortyzacji środków trwałych i wartości niematerialnych,
• zakupu materiałów i surowców,
• odpłatnego korzystania z aparatury naukowo-badawczej,
• nabywanych usług doradczych, opinii i ekspertyz itp.

  –  odliczenie przysługuje w wysokości 100% poniesionego wydatku.

Regulacje w tym zakresie są zawarte  w art. 26e-26g ustawy o PIT (art. 18d-18e ustawy o CIT).

Niestety, przepisy nie wskazują jednoznacznie, czy i kiedy zastosowanie ulgi  B+R jest możliwe w przypadku wydatków poniesionych na wdrożenie KSeF. Wątpliwości dotyczą przede wszystkim rozstrzygnięcia, czy działania przedsiębiorcy w tym zakresie mieszczą się w definicji działalności B+R. Zgodnie z tą definicją, „działalnością  badawczo-rozwojową” jest działalność twórcza obejmująca badania naukowe lub prace rozwojowe, podejmowana w sposób systematyczny w celu zwiększenia zasobów wiedzy oraz wykorzystania zasobów wiedzy do tworzenia nowych zastosowań (art. 5a pkt 38 ustawy o PIT i art. 4a  pkt 26 ustawy o CIT).

Jako przykład takich działań można wskazać np. samodzielne opracowanie przez przedsiębiorstwo nowego  oprogramowania do obsługi e-faktur, odpowiadającego jego potrzebom, czy też rozwój już istniejącego, w celu jego integracji z Krajowym Systemem e-Faktur. Jednak aby taka kwalifikacja – pozwalająca na zastosowanie ulgi B+R – była dopuszczalna, firma samodzielnie musi opracowywać lub rozwijać rozwiązania w tym zakresie. Sam zakup gotowego oprogramowania od zewnętrznego dostawcy nie będzie upoważniał do skorzystania z przedmiotowej ulgi. Ważne jest również zaangażowanie jej pracowników w prace twórcze, obejmujące np.: analizę potrzeb jednostki w tym zakresie, studium przypadków i przegląd istniejących rozwiązań, projektowanie, testy funkcjonalne systemu, etap jego wdrażania itp.

Co istotne, można się spotkać z wyjaśnieniami, w których również fiskus dopuszczał taką możliwość. Tytułem przykładu można tutaj wskazać interpretację indywidualną dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z  28 listopada 2023 r. (nr 0114-KDIP2-1.4010.532.2023.2.AZ). Została ona wydana na wniosek spółki, która w 2022 roku rozpoczęła prace nad projektem dotyczącym Krajowego  Systemu e-Faktur, tak aby mogła ona w pełni zintegrować swoje systemy z KSeF. W wydanej interpretacji dyrektor KIS zgodził się ze spółką, że wskazane we wniosku prace spełniają definicję działalności badawczo-rozwojowej w rozumieniu art. 4a pkt 26 ustawy o CIT. Organ podzielił także stanowisko wnioskodawcy, że wydatki na pracowników (i zleceniobiorców) zaangażowanych we wspomniany projekt – tj. na płace, premie, ekwiwalenty, składki – mogą być zaliczone do kosztów kwalifikowanych, o których była mowa wcześniej (art. 18d ust. 2 pkt 1 i 1a ustawy o CIT). W konsekwencji dyrektor KIS potwierdził w tym piśmie dopuszczalność zastosowania ulgi B+R do ww. wydatków dotyczących KSeF.

W podobny sposób do kwestii tej dyrektor KIS odniósł się w piśmie z  15 stycznia 2024 r. (nr 0114-KDIP2-1.4010.621.2023.2.AZ), również będącym indywidualną interpretacją przepisów prawa podatkowego. Dotyczyło ono spółki, której pracownicy byli zaangażowani  w kompleksowy proces wdrożenia oprogramowania niezbędnego do komunikacji z Krajowym Systemem e-Faktur. Prace w tym zakresie obejmowały m.in. selekcję i identyfikację potrzeb programowych i biznesowych, opracowywanie (koncepcje) rozwiązań systemowych odpowiadających tym potrzebom, implementację (wdrożenie) wypracowanych koncepcji, partycypację w spotkaniach grup roboczych mających na celu mapowanie nowych procesów (możliwych funkcjonalności),  testowanie  pod kątem spełnienia zakładanych oczekiwań oraz rozbudowę aplikacji wykorzystywanych przez spółkę. Według dyrektora KIS, prace te wypełniały definicję działalności B+R  w rozumieniu art. 4a pkt 26 ustawy o CIT. Dodatkowo organ ten zgodził się z wnioskodawcą co do dopuszczalnością uznania ponoszonych przez spółkę kosztów osobowych (m.in. wynagrodzeń, składek ZUS w części finansowanej przez nią  jako płatnika  itp.) –  w takim zakresie, w jakim czas przeznaczony na realizację prac B+R pozostawał w ogólnym czasie pracy tych pracowników w danym miesiącu – za koszty kwalifikowane, które mogą podlegać odliczeniu w ramach ulgi B+R. 

Pomimo wydania przez dyrektora KIS wspomnianych wcześniej interpretacji indywidualnych, zalecana jest duża ostrożność, jeśli chodzi o odliczanie wydatków na wdrożenie KSeF w ramach ulgi B+R. Trzeba bowiem pamiętać o tym, że tego rodzaju interpretacje wydawane są w indywidualnych sprawach. W przypadku zaś  różnych podatników, stany faktyczne nigdy nie są identyczne. Dlatego wskazane jest, aby przed dokonaniem takiego odliczenia, zwrócić się  we własnym zakresie o wydanie takiej interpretacji, na podstawie art. 14b  Ordynacji podatkowej.

Organy podatkowe dopuszczały w swoich wyjaśnieniach możliwość zastosowania ulgi B+R w odniesieniu do wydatków poniesionych w celu wdrożenia  Krajowego Systemu e-Faktur.w firmie. Świadczą o tym interpretacje indywidualne dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej, dotyczące kosztów związanych z pracami nad  oprogramowaniem do komunikacji z KSeF.