Kara za fakturę poza KSeF – błąd w przepisach i zmiany od 2027 r.

Informacja Ministerstwa Finansów została przekazana w związku z zapytaniem mediów. Dotyczyło ono stosowania regulacji o karach dla podatników  na gruncie  przepisów o Krajowym Systemie e-Faktur (KseF), w razie jego  awarii.

W swoim wystąpieniu  do  MF jedna z redakcji przywołała  treść art. 106ni ust. 1 pkt 2 ustawy o VAT, w brzmieniu, które ma obowiązywać  od 1 stycznia 2027 r. Wynika z niej m.in., że jeśli podatnik wbrew obowiązkowi w okresie trwania awarii (o której mowa w art. 106ne ust. 1 lub 3, tej ustawy) wystawi fakturę niezgodnie z udostępnionym wzorem – to decyzją naczelnika urzędu skarbowego jest na niego nakładana  kara pieniężna, w wysokości do 100% kwoty podatku wykazanego na tej fakturze wystawionej poza KSeF.

Natomiast  w przypadku faktury bez wykazanego podatku – wysokość kary pieniężnej  może wynieść do 18,7% kwoty należności ogółem, wykazanej na tej fakturze wystawionej poza KSeF.

Dalej redakcja  wskazała, że w ww. przepisie odwołano się do awarii określonej zarówno w art. 106ne ust. 1, jak i 106ne ust. 3 ustawy o VAT.

Przepisy te dotyczą  odpowiednio:

• awarii systemu KSeF (ogłoszonej w BIP Ministra Finansów i za pośrednictwem oprogramowania interfejsowego) – w czasie trwania której podatnik wystawia faktury w postaci elektronicznej zgodnie z wzorem faktury ustrukturyzowanej (udostępnionym na elektronicznej platformie usług administracji publicznej),
• całkowitej awarii KSeF (ogłaszanej w środkach społecznego przekazu) – w okresie trwania tej awarii podatnik wystawia faktury w postaci papierowej lub faktury elektroniczne (a nie faktury zgodnie ze wzorem faktury ustrukturyzowanej).

Na tle tak sformułowanych przepisów  dziennikarze zwrócili się do  MF z  prośbą  o wyjaśnienie, za co ma być nakładana kara w przypadku całkowitej awarii systemu.

Do otrzymanego pytania  Ministerstwo Finansów odniosło się w informacji z 17 marca 2026 r.  Została ona 16 kwietnia  br. opublikowana na stronie systemu informacji celno-skarbowej „EUREKA” (id informacji: 687043). Resort finansów wyjaśnił w niej, że  w art. 106ni ust. 1 pkt 2 ustawy o VAT – w brzmieniu obowiązującym od 1 stycznia 2027 r. – w zakresie nakładania kary w okresie trwania awarii, o której mowa w art. 106ne ust. 1 lub 3, nadmiarowo odwołano się do awarii, o której mowa w art. 106ne ust. 3 ustawy o VAT, czyli całkowitej awarii KSeF.

Ministerstwo Finansów przekazało, że  powyższe odwołanie w tym brzmieniu pojawiło się w trakcie prac parlamentarnych. Zarazem resort finansów poinformował, że przepis art. 106ni ust. 1 pkt 2 ustawy o VAT, zostanie w zakresie wspomnianego nadmiarowego odwołania poprawiony, tak żeby na 1 stycznia 2027 r. zakres jego stosowania nie budził wątpliwości.

Z wyjaśnień Ministerstwa Finansów wynika, że w przypadku całkowitej awarii KSeF  podatnicy mają prawo wystawiać „zwykłe” faktury w formie papierowej lub elektronicznej (np. w PDF), poza KSeF. Zatem przepisy o karze za niewystawienie  faktury  ustrukturyzowanej, w brzmieniu  obowiązującym od  1 stycznia 2027 r., nie powinny  mieć w takiej sytuacji zastosowania. Mając to na uwadze, MF zapowiedziało ich zmianę.