„Sprawnie” działający organ podatkowy potrafi kilkukrotnie bądź też nawet kilkunastokrotnie przedłużać termin zwrotu należnej przedsiębiorcy nadwyżki VAT. Jeden z przedsiębiorców, nękany kolejnym takim wydłużaniem kontroli, wniósł na te działania skargę do sądu i uzyskał ochronę. Jednak mimo wyroku fiskus nadal nie zamierzał zwracać należnego przedsiębiorcy podatku. Zmusiło go do tego dopiero orzeczenie NSA.

Prawo do odliczenia VAT stanowi podstawową zasadę wspólnego systemu podatku od towarów i usług. Jednak organy podatkowe odbierają przedsiębiorcom to uprawnienie, gdy tylko stwierdzą, że któryś z ich kontrahentów brał udział w oszustwach VAT. Trybunał Sprawiedliwości UE w niedawnym orzeczeniu przypomniał fiskusowi, że nie może zatajać przed podatnikiem dowodów, na których oparł swoją decyzję.

Osoby fizyczne prowadzące działalność gospodarczą, użytkujące samochody osobowe w ramach leasingu operacyjnego, na koniec okresu umowy stają przed decyzją odnośnie wyboru sposobu wykupu pojazdu. Możliwości są zależne od umowy leasingu, ale najczęściej spotykany jest wykup pojazdu „na firmę”, czyli do dalszego wykorzystywania w działalności. Większość firm oferuje także możliwość wykupu tzw. prywatnego – tj. na cele osobiste podatnika. Decyzja podjęta w momencie wykupu, ma istotny wpływ na dalsze rozliczenia podatkowe związane z użytkowaniem pojazdu oraz jego sprzedaż. W związku z tym każdorazowo decyzja o wykupie pojazdu powinna zostać dokładnie przemyślana, zwłaszcza pod kątem wynikających z niej efektów podatkowych.

Weryfikacja kontrahentów w perspektywie dochowania należytej staranności na potrzeby VAT, budzi wiele kontrowersji i sporów pomiędzy urzędami a podatnikami. Granica pomiędzy dochowaniem należytej staranności a jej brakiem jest bardzo cienka, a analiza stanowiska organów i sądów administracyjnych pokazuje, że jest ona bardzo subiektywna i często zależy od okoliczności.

Organy podatkowe posądziły jedną z firm o świadomy udział w karuzeli VAT. Nie udowodniły jednak, że towar będący przedmiotem obrotu nie był w rzeczywistości dostarczany i odbierany. Wręcz przeciwnie, wykazana przez nie argumentacja prowadziła do wniosku, że towar ten faktycznie istniał i był przedmiotem dostawy. Dlatego też sąd administracyjny, uchylając decyzję organów, na skutek wniesionej przez spółkę skargi stwierdził, iż jeśli organ podatkowy stoi na stanowisku, że transakcja była pozorna albo dokonano jej w celu obejścia prawa, powinien to wskazać oraz wykazać w uzasadnieniu swojego rozstrzygnięcia.

Fiskus twierdzi, że w sytuacji, gdy transakcji potwierdzonej fakturą dokonano gotówką i z pominięciem rachunków bankowych – podatnik wystawił fakturę niedokumentującą rzeczywistego zdarzenia gospodarczego. Jednak zdaniem sądu ani brak rachunków bankowych, ani dokonywanie płatności gotówką nie mogą stanowić żadnego dowodu na fikcyjność transakcji.

Zdaniem fiskusa transakcje zbycia praw i obowiązków z umowy przedwstępnej lub deweloperskiej, należy na gruncie VAT traktować tak samo, jak dostawę nieruchomości, której te umowy dotyczą. Oznacza to, że będą one opodatkowane na takich samych zasadach (zwolnienie lub obniżona stawka podatku), jak finalna dostawa nieruchomości objętych tymi umowami.

Podatnicy mogą już korzystać z nowego narzędzia ograniczającego ryzyko podatkowe prowadzonej działalności, jakim jest Wiążąca Informacja Stawkowa (WIS). Instrument ten ma gwarantować podatnikom, a także organom podatkowym oraz podmiotom korzystającym z WIS większą pewność w zakresie prawidłowości zastosowanych stawek podatku.

Fiskus nie potrafiąc prawidłowo zaklasyfikować usług związanych z importem, dokonał tylko częściowej klasyfikacji nabytych przez importera usług. Podzielił je na zwiększające podstawę opodatkowania i te niemające na nią wpływu. Wszystkie pozostałe usługi zaklasyfikował bez wyjaśnienia na niekorzyść podatnika. Takie postępowanie jest nieprawidłowe.

W przypadku, gdy nabywane towary i usługi podatnik wykorzystuje zarówno do działalności gospodarczej jak i poza nią, ustalenia wartości VAT do odliczenia dokonuje się stosując tzw. prewspółczynnik VAT (sposób określenia proporcji). Zdaniem fiskusa nie jest możliwe zastosowanie różnych sposobów określenia proporcji w odniesieniu do różnych sektorów działalności jednego podatnika. Jednak sądy mają na ten temat odmienne zdanie.