Zmiany podatkowe 2025 – co nowego w CIT, VAT, Ordynacji i akcyzie?

Wśród przepisów uchwalonych 12 września 2025 r. przez Sejm, które następnie trafiły do Senatu, znajduje się również kilka ważnych nowelizacji ustaw podatkowych.  Zmiany 2025 w Ordynacji podatkowej – dotyczące odsetek za zwłokę czy rozstrzygania wątpliwości w zakresie stany faktycznego na korzyść podatnika – są korzystne dla ogółu podatników. Z kolei na zmianach ułatwiających dostęp do wykazu podatników VAT, tak samo jak w zakresie zwolnienia z CIT dla spółek holdingowych, skorzystają przedsiębiorcy. Powody do zadowolenia powinni mieć także hodowcy zwierząt, uprawnieni do zwrotu akcyzy od paliwa rolniczego.

Pierwsza z przyjętych przez Sejm zmian podatkowych dotyczy ograniczeń w naliczaniu odsetek za zwłokę.  Znajdą one zastosowanie w przypadkach, gdy kontrola podatkowa albo celno-skarbowa nie zostaną zakończone w ciągu 6 miesięcy od dnia ich wszczęcia. W takiej sytuacji podatnik nie zapłaci wspomnianych odsetek od dnia następnego po tym okresie aż do zakończenia kontroli. W tym celu do Ordynacji podatkowej ma zostać dodany nowy przepis, w postaci art. 54 § 1 pkt 7c. 

Tak wynika z ustawy o zmianie ustawy - Ordynacja podatkowa, uchwalonej przez Sejm na posiedzeniu 12 września 2025 r. (druk nr 1439). Trzy dni później została ona  przekazana do Senatu.

Sprawdź też:

Odsetki za zwłokę 2025 – nowe stawki od 4 września

Korzystne dla podatników zmiany przewiduje również kolejna z uchwalonych przez Sejm 12 września br. ustaw nowelizujących Ordynację podatkową (druk nr 1265). Ustawa o zmianie ustawy - Ordynacja podatkowa, o której mowa, rozszerza tzw. zasadę „in dubio pro tributario”.  Wspomniana zasada – polegająca na rozstrzyganiu wątpliwości na korzyść podatnika – obecnie jest stosowana tylko do niejasności co do treści przepisów prawa podatkowego (art. 2a Ordynacji podatkowej). Po zmianie obejmie ona także przypadki, gdy organ poweźmie wątpliwości odnośnie do okoliczności faktycznych sprawy.

Mianowicie w zmienianej ustawie zostanie zamieszczony zapis, że „w postępowaniu podatkowym wszczętym z urzędu niedające się usunąć wątpliwości co do stanu faktycznego rozstrzyga się na korzyść strony”.  Będzie o tym stanowił nowy art. 122 § 2 Ordynacji podatkowej. Przy czym ma on znaleźć zastosowanie także do postępowań wszczętych i niezakończonych przed dniem wejścia w życie niniejszej ustawy nowelizującej (co ma nastąpić po upływie 14 dni od dnia jej ogłoszenia w Dzienniku Ustaw).

Powyższa zasada nie będzie jednak miała bezwzględnego charakteru. Jej stosowanie zostanie bowiem wyłączone w przypadkach, gdy:

• w postępowaniu uczestniczą strony o spornych interesach lub wynik postępowania ma bezpośredni wpływ na interesy innych osób,
• przepisy prawa wymagają od strony wykazania określonych faktów,
• sprzeciwia się temu ważny interes publiczny, w tym istotny interes państwa.

12 września 2025 r. Sejm uchwalił także ustawę o zmianie ustawy o Centralnej Ewidencji i Informacji o Działalności Gospodarczej i Punkcie Informacji dla Przedsiębiorcy oraz ustawy o podatku od towarów i usług (druk nr 1449). W jej przypadku korzyści dla podatników – a konkretnie dla przedsiębiorców – polegają na ułatwieniu weryfikacji kontrahentów. Mianowicie przedsiębiorca będzie mógł w jednym miejscu sprawdzić online, czy dany podmiot gospodarczy figuruje w wykazie podatników VAT. 

Obecnie przedsiębiorcy, w celu weryfikacji danych kontrahentów, korzystają z kilku odrębnych rejestrów (KRS, CEIDG, wykaz VAT). Jak tłumaczy Ministerstwo Rozwoju i Technologii, które przygotowało nowe rozwiązania w omawianym zakresie, brak scentralizowanej bazy danych powoduje rozproszenie informacji, co wydłuża proces i zwiększa ryzyko błędów. Rozwiązania te wychodzą zatem naprzeciw oczekiwaniom przedsiębiorców. Mają one wejść w życie 1 października 2025 r.

Z kolei ustawa z 12 września 2025 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych (druk nr 1441) – jest korzystna dla spółek holdingowych.  Poprzez modyfikację treści art. 24o ustawy CIT likwiduje ona obowiązek składania fiskusowi przez takie jednostki oświadczenia o zamiarze skorzystania ze zwolnienia z CIT dochodów ze zbycia udziałów (akcji) krajowej lub zagranicznej spółki zależnej na rzecz podmiotu niepowiązanego – jako warunku uprawniającego do skorzystania z tej preferencji. Wspomniana ustawa nowelizująca ma wejść w życie z dniem następującym po dniu jej ogłoszenia w Dzienniku Ustaw.

Na uwagę zasługuje również ustawa z 12 września 2025 r. o zmianie ustawy o zwrocie podatku akcyzowego zawartego w cenie oleju napędowego wykorzystywanego do produkcji rolnej (druk nr 1428). Przewiduje ona uproszczenie procesu uzyskiwania zwrotu podatku akcyzowego zawartego w cenie oleju napędowego wykorzystywanego do produkcji rolnej przez producentów rolnych hodujących zwierzęta (bydło, świnie, owce, kozy i konie).

Nowelizacja wejdzie w życie po upływie 14 dni od dnia jej ogłoszenia w Dzienniku Ustaw.

12 września 2025 r. Sejm przyjął ponad 20 różnych ustaw, wśród których znalazł się również pakiet zmian podatkowych. Dotyczą one m.in. liczenia odsetek za zwłokę w przypadku przedłużających się kontroli czy rozszerzenia zasady określonej w Ordynacji podatkowej, która nakazuje rozstrzyganie niedających się usunąć wątpliwości na korzyść podatnika. Ponadto przedsiębiorcy łatwiej sprawdzą swoich kontrahentów w wykazie podatników VAT. Zmiany są korzystne również dla spółek holdingowych, pod kątem stosowania zwolnienia od CIT.  Z kolei hodowców bydła czeka mniej formalności przy ubieganiu się o zwrot akcyzy od paliwa rolniczego. Teraz zmianami – których część ma wejść w życie już 1 października 2025 r. – zajmie się Senat.

Sprawdź też:

Bezemisyjne połączenie spółek – zmiany w CIT i w prawie energetycznym

Interpretacje indywidualne 2025 – zmiany w Ordynacji podatkowej i publikacja w systemie EUREKA

Odsetki za czas kontroli podatkowej – korzystne zmiany w Ordynacji podatkowej 2025

Częściowa korekta deklaracji po kontroli celno-skarbowej 2026 – co się zmienia dla podatników

Źródło:

• ustawa z 12 września 2025 r. o zmianie ustawy – Ordynacja podatkowa (druk nr 1439),
• ustawa z 12 września 2025 r. o zmianie ustawy – Ordynacja podatkowa (druk nr 1265),
• ustawa z 12 września 2025 r. o zmianie ustawy o Centralnej Ewidencji i Informacji o Działalności Gospodarczej i Punkcie Informacji dla Przedsiębiorcy oraz ustawy o podatku od towarów i usług (druk nr 1449),
• ustawa z 12 września 2025 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych (druk nr 1441),
• ustawa z 12 września 2025 r. o zmianie ustawy o zwrocie podatku akcyzowego zawartego w cenie oleju napędowego wykorzystywanego do produkcji rolnej (druk nr 1428).